추출된 염색체 RNA 샘플의 품질을 판단하는 방법
추출된 염색체 RNA 샘플의 품질을 판단하는 방법
완전한 총 RNA는 변성 겔 전기영동을 수행할 때 명확한 28S 및 18S rRNA 밴드(진핵생물 샘플)를 생성합니다. 28S rRNA 밴드의 강도는 18S rRNA 밴드의 강도의 약 2배여야 합니다. 이 2:1 비율(28S:18S)은 RNA 무결성을 나타내는 좋은 지표입니다.
RNA 무결성을 평가하기 위해 변성 겔 전기영동을 사용할 때의 한 가지 단점은 관찰에 필요한 RNA 샘플의 양입니다. 일반적으로 EtBr 염색으로 시각화하려면 변성 젤에 최소 200ng의 RNA를 로드해야 합니다. 바늘 생검 샘플이나 레이저 캡처 현미해부 샘플에서 RNA를 추출하는 등 일부 RNA 준비 실험에서는 수율이 매우 낮습니다. 이 경우 발현 프로파일링 실험을 수행하기 전에 무결성을 평가하기 위해 200ng의 RNA를 제거하는 것이 불가능할 수 있습니다. Moleculor Probes(Eugene, OR)의 SYBR® Gold 및 SYBR Green II RNA 염료와 같은 기타 핵산 염료는 기존의 아가로스 겔 전기영동 EtBr 염색 방법에 비해 감도를 크게 향상시킬 수 있습니다. 300nm 투과 광원(6 x 15와트 전구)과 특수 필터를 사용하여 SYBR Gold RNA 젤 염색은 1ng의 적은 RNA를 감지할 수 있는 반면 SYBR Green II는 2ng를 감지할 수 있으므로 더 많은 작은 샘플을 사용할 수 있습니다. RNA 무결성 분석.
현재 RNA 샘플을 정량화하고 평가할 수 있는 기존 젤 분석 방법을 대체할 수 있는 빠르고 간단한 방법이 있습니다. Agilent 2100 Bioanalyzer(Agilent Technologies)는 RNA 샘플의 상태에 대한 자세한 정보를 제공하는 최초의 상용 미세유체 기기입니다. RNA 6000 LabChip™(Caliper Technologies Corporation 소유의 등록 상표)과 함께 사용할 경우 각 분석에는 10ng/μl 농도의 샘플 1μl만이 필요합니다. RNA 무결성을 평가하는 것 외에도 이 자동화 시스템은 샘플 RNA 농도 및 순도(예: mRNA 준비 시 rRNA 오염)에 대한 평가도 제공할 수 있습니다. 과거에는 RNA 샘플의 일부를 사용하여 농도와 순도를 테스트하고(A260 분광광도법을 통해) 샘플의 추가 부분을 사용하여 무결성을 평가해야 했습니다. LabChip® 시스템을 사용하면 단 5ng의 시료만으로 농도, 무결성, 순도를 동시에 분석할 수 있습니다. 분석 데이터는 젤 형태의 이미지, 전기영동 피크 다이어그램, 표 등으로 표시할 수 있습니다.